Hver medlemsstat i EU udpeger en såkaldt ‘kompetent myndighed’, der skal håndhæve EUTR nationalt.
I Danmark er den kompetente myndighed Miljøstyrelsen. Miljøstyrelsen fører tilsyn med ‘virksomheder’, ‘forhandlere’ og ‘overvågningsorganer‘ på det danske marked.
Kontrollen gennemføres som en risikobaseret kontrol, hvor Miljøstyrelsen i samarbejde med SKAT identificerer indsatsområder, fx baseret på træarter, oprindelseslande eller produktgrupper.
Kontrollen kan omfatte dokumentkontrol og fysisk kontrol ligesom man kender det fra markedskontrollen for byggevarer.
Myndighederne er forpligtet til at føre tilsyn på grundlag af begrundet mistanke fra tredjeparts side.
EU-Kommissionen har på sin hjemmeside en liste over alle medlemsstaternes kompetente myndigheder.